Po prelome letopočtu sa medzi gnostickými sektami vyvíja kresťanstvo, ktoré bolo spočiatku považované za židovskú sektu. Ani to nebolo sprvu tak jednotné, ako by sa nám dnes mohlo zdať. To, ktoré môžeme označiť za autentické, vzniklo v Palestíne a jeho tvorcom bol Ježiš. Ten však nebol zakladateľom niečoho úplne nového, ale iba sa pokúsil maximálne sprístupniť duchovný základ učení hermetizmu, buddhizmu a ďalších smerov tak, ako ich spoznal počas svojich štúdií v Egypte a Indii. Práve preto je úplne zákonité, že je prvotné kresťanstvo tak podobné gnóze. I v rámci kresťanstva vzniká mnoho odnoží. Zatiaľ čo pokračovateľom Ježiša sa stal jeho brat Jakub, sv. Pavel vyvíja veľmi rozsiahlu kazateľskú činnosť v oblasti dnešného Turecka, Grécka a Ríma. To, čo kázal, však skôr vychádzalo z helénizmu a z mysterijných kultov (napr. Adonisov, kde zmŕtvychvstalý Adonis je iba premenovaný na Ježiša Krista). Nie je preto prekvapivé, že sv. Pavel bol Jakubom a jeho nasledovníkmi zapudený. Potom, čo sa stalo kresťanstvo oficiálnym náboženstvom Rímskej ríše, v ňom úplne pochopiteľne helénistických prvkov pribudlo. Dôsledkom bolo isté rozštiepenie v širokom spektre gnostických siekt, z ktorých tie, ktoré lpeli na pôvodnom Ježišovom odkaze, sa stali značne nepriateľskými voči tým kresťanom, ktorých učenie bolo v súlade s tým, ktoré schvaľovala štátna moc. Štátny represívny aparát sa však nakoniec ukázal byť silnejším a tak začalo prenasledovanie gnostikov, ktoré vyústilo v 13. storočí do krížového ťaženia proti albigenským. Ani napriek hoci najdôslednejšiemu prenasledovaniu a krutosti sa však hermeticko-gnostický odkaz nepodarilo nikdy úplne potlačiť.